名称：秘密帝国（Secret Empire）
别名：第三次爱国战争（Third Patriotic War）
主角：钢铁侠、鹰眼（Hawkeye）、黑寡妇、、捍卫者联盟（Defenders）、阿尔法战队（Alpha Flight）、纳摩（Namor）
对抗者：九头蛇、红骷髅、泽莫男爵、九头蛇夫人
地点：华盛顿特区、内华达州拉斯维加斯、曼哈顿、纽约、地球轨道
初次登场：秘密帝国#0（2017年4月）
多年前，在美国队长史蒂夫·罗杰斯与红骷髅的一场战斗中，被红骷髅占据了许久的宇宙立方体（Cosmic Cubes）在美队盾牌的撞击下，轰然破碎而四分五裂。
美国队长 VS 红骷髅
而为了消除世界上的超级恶棍，维和机构“神盾局（S.H.I.E.L.D.）”从世界各地开始收集不同宇宙立方体（Cosmic Cubes）碎片，希望能创造出一个具有相同功能的人造宇宙立方，来重塑或改变现实。
宇宙立方体（Cosmic Cubes）
然而，在对宇宙立方碎片进行实验时，意想不到的事情发生了，这些碎片在容器中爆裂并融合在了一起，碎片经过扭曲和分裂被孵化形成一个像人类小女孩的形态，然后，这个有感知和意识能力的宇宙立方体来到了这个世界，并被称之为“科比克（Kobik）”。
科比克（Kobik）诞生
人形科比克
之后，缺少关爱的科比克在红骷髅（Red Skull）的影响下，被其洗脑并灌输了九头蛇（Hydra）的发展之道（相信只有九头蛇才能拯救全世界）。同时，她将红骷髅视为一个类似父亲一样的存在，开始过着双重生活，利用自己的特殊身份（存在于不同的地方）同时陪伴着神盾局和红骷髅。
后来，在科比克天真错乱的价值观影响下，监护人“埃里克·塞尔维格（Erik Selvig）”逐渐被修改现实，使其积极加入并开始效忠于九头蛇。与此同时，红骷髅发现了科比克对塞尔维格的所作所为（修改他人现实的能力），并激发了将他最大的敌人史蒂夫·罗杰斯（美国队长）使其加入到恐怖组织九头蛇队伍中的疯狂计划。
科比克诞生后，埃里克·塞尔维格成了她的监护人
首先，红骷髅让已经效忠于九头蛇的“埃里克·塞尔维格（Erik Selvig）”向神盾局提出建造“欢欣丘（Pleasant Hill）”超级监狱计划（一座与众不同的特殊监狱，所有的囚犯全部抹除记忆以及改变外貌，使他们变得温和，不再具有攻击性）。然后，再利用泽莫男爵（Baron Zemo）爆发大规模越狱事件，引诱前来救援的史蒂夫·罗杰斯对抗这群囚犯，直到目睹美国队长被打到濒临死亡。
接着，在红骷髅的阴谋与诱导下，科比克（Kobik）成功帮助美国队长恢复成超级士兵的巅峰状态（恢复年轻），修改了他的现实，并成功给他植入了一段虚假的九头蛇经历的记忆，使其认为自己是从小受到九头蛇培养的秘密特工（目的是利用九头蛇接管美国政府，并进而征服世界）。于是这位九头蛇队长诞生了，而真正的美国队长却被放逐在心灵深处（宇宙立方之中）。
九头蛇队长诞生
于是，经过数月的周密计划，九头蛇队长成功接替了莎伦·卡特（Sharon Carter）神盾局局长的职位，并在后面成功杀死红骷髅后，使其实成为了九头蛇和神盾局的最高领导者，以及美国队长精神象征为一身的极强大存在，终于将他长久下来堆好的骨牌推倒，开始了他的九头蛇革命计划。
美国队长也在雪莎伦·卡特面前亮出了他九头蛇最高领导的真面目，并且将她暂时软禁。
计划一，美国队长利用行星防御盾（Planetary Defense Shield）失效阶段，吸引无数“奇塔瑞人（Chitauri）”对地球发动大规模进攻时，派遣阿尔法战队、银河护卫队、亥伯龙、惊奇队长、类星体等等超级英雄，拦截并迎战地球大气层外的奇塔瑞人，然后，再用玛利亚·希尔以及惊奇队长所提议的行星防御盾把他们和奇塔瑞人一起阻挡在地球之外。
大批英雄被阻挡在地球之外
计划二，利用宇宙立方体改写现实能力所创造的超级监狱－欢欣丘（Pleasant Hill）所囚禁的超级反派们集中在纽约，以泽莫男爵和邪恶军团（Army of Evil）为首进攻曼哈顿，并尽可能多地引诱美国的超级英雄捍卫者联盟以及非凡复仇者们的集结和对抗，在利用黑暗神书（Darkhold）将整个纽约垄罩在“暗力维度（Darkforce Dimension）”当中，将他们与全国其他地方的英雄隔离开来。
计划三，全面攻占并接管美国，稳操胜券的美国队长驾驶天空母舰驾临华盛顿，夺取了美国的控制权。他以九头蛇最高指挥官的身份出现，成为美国现任的最高法西斯统治者。
全面攻占
而另一边，元气大伤的超级英雄们也已经产生了各自的理念，一次次的行动遭遇失败，英雄们受到了莫大的挫折。一部分选择了放弃，一部分选择抗争到底，一部分人得知是宇宙立方体改变了美国队长，也开始了寻找宇宙立方体碎片的道路。
面对这绝望的局面，猎鹰山姆和钢铁侠的团队继续环球旅行寻找着碎片，最后在解放新阿提兰（New Attilan）时，找到了最后一块宇宙立方体的碎片，钢铁侠利用它的力量与被困在宇宙中的英雄取得联系，而此时类星体也成功突破了行星防御盾，让被困宇宙之中的超级英雄回归地球。
而一向行事毫无顾忌的死侍向神盾局特工希尔提供了暗力维度的核心的坐标，掌握了这一情况的英雄立刻组织营救，最终被困在曼哈顿的新复仇者也得以解放。在重新出任美国队长的山姆·威尔逊的带领下，地下反抗军、新复仇者、阿尔法战队、银河护卫队集结，向九头蛇复仇者及九头蛇大军发起复仇——复仇者，集合！
复仇者集结
面对希望的到来，分散在世界各地的英雄纷纷赶来支援，地球局势逐渐逆转。但这时，九头蛇队长身着以宇宙立方为能源，由钢铁侠特意为美国队长设计的装甲现身，凭借宇宙立方的强大实力击败了所有英雄，取得最后一块宇宙立方碎片的九头蛇队长再次重塑了一切。
身穿美国队长制服的山姆·威尔逊拿着最后一块宇宙魔方碎片，连同盾牌一起交给了九头蛇队长
然而，在宇宙立方重新完整的那一瞬间，巴基借助蚁人的帮助进入宇宙立方内部，成功找到了宇宙立方的意识本体科比克（Kobik），并带回了被困在其中的真正的史蒂夫·罗杰斯。
原来蚁人和冬兵早就藏在了最后那块宇宙立方体上面
与此同时，意识到自己被骗的科比克，夺回主控权用修改现实的力量再次将历史改回了原本的样子，并且让正义队长的意识实体化。
正义美队回归现世
于是，当着全世界的面，美国队长与九头蛇队长展开了最后的生死决斗。而最终，凭借从来未曾改变的高尚美德，美国队长再度举起雷神之锤的承认，并将九头蛇队长击败，至此九头蛇彻底宣告失败，世界又恢复原样！
美国队长与九头蛇队长生死决斗
交战到最后，两人看向了在一旁伫立着的雷神之锤，在这边揭露了，原来当初九头队长能够举起雷神之锤，是因为他们使用宇宙立方的碎片将举起锤子的条件修改成了「只要是最强的人举起此锤，即能获得九头蛇之力。」
但由于科比克再次修正现实，雷神之锤恢复成原样，九头蛇队长因而无法将之举起，但相反的，正义美队则是轻松地举起锤子，将九头队长一击轰飞。
九头队长一击轰飞
其实，在秘密帝国的第0期当中，美国队长打从一开始就是九头蛇的特工，并且利用他原本美国人的身分渗透进美国成为了他们的超级士兵，再借此帮九头蛇以及轴心国打赢了第二次世界大战。而战败的同盟国最后利用宇宙魔方修改现实，将历史改写为我们现在所熟知的样子，比如美国队长是美国二战时的大英雄，是复仇者联盟的成员等等。所以红骷髅以为宇宙立方是改写现实将史蒂夫·罗杰斯变成九头蛇探员，但实际上宇宙立方是恢复他历史被改写前的旧记忆。